当前位置: 首页 > news >正文

单细胞中的GSVA基因集评分怎么实现?

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心 


## 使用GSVA:score的大小来定量评价基因集在样本中的相对大小
library(GSVA)
#读取gmt文件
geneset <- read.gmt(file.path("./PreB_pathways_GSVA_score.gmt"))  #read.gmt
geneset <- split(geneset$gene,geneset$term)
geneset

Idents(fasting_memory) <- fasting_memory$Sample
fasting_memory_preB <- subset(fasting_memory,Celltype %in% c("Pre-B")) %>% subset(Sample %in% c("memory_10d","memory_35d","memory_66d"))

fasting_memory_preB <- FindVariableFeatures(fasting_memory_preB,selection.method="vst",nfeatures=2000)
genes <- VariableFeatures(fasting_memory_preB)
GSVA_exp <- AverageExpression(fasting_memory_preB,
                              #features = genes,
                              group.by = 'Sample', assays = 'RNA', slot = "data") 
GSVA_exp <- as.data.frame(GSVA_exp$RNA)
dim(GSVA


http://www.mrgr.cn/news/39991.html

相关文章:

  • 【自动化测试】Appium Server如何安装和Appium Server安装困难的原因和解决方法以及常见的一些安装失败的错误和解决方法
  • 中概股浪潮中暴涨20%的知乎,被低估了吗?
  • 基于单片机的催眠电路控制系统
  • leetcode每日一题day19(24.9.29)——买票需要的时间
  • go语言 常用的web框架
  • 67、脑机接口:技术挑战与未来优化策略的深入探讨
  • WebAssembly 为什么能提升性能,怎么使用它 ?
  • Mamba以及我们看的第一篇MambaOcc
  • Spring系列 BeanPostProcessor
  • 群晖安装Gitea(代码托管工具)
  • docker运行arm64架构的镜像、不同平台镜像构建
  • AI大模型技术已是中小企业数字化转型的战略资源
  • GEE开发之Modis_NDWI数据分析和获取
  • ZenStack全栈开发工具(一)快速使用指南
  • Knots_3D 9.3.0 一款教你绑绳结的手机应用
  • 使用powershell的脚本报错:因为在此系统中禁止执行脚本
  • 《OpenCV 计算机视觉》—— 图像拼接
  • 网络安全cybersecurity的几个新领域
  • 【KVM】虚拟化技术及实战
  • 【LeetCode每日一题】——95.不同的二叉搜索树 II