当前位置: 首页 > news >正文

根据蛋白质链序列和原子坐标等生成PDB文件

生成PDB文件通常需要根据蛋白质的氨基酸序列、原子坐标(xyz)、占有率(occupancy)和B因子(B-factor)等信息来格式化输出。

示例代码,展示如何根据这些信息生成PDB文件。


RES_NAMES = ['ALA','ARG','ASN','ASP','CYS','GLN','GLU','GLY','HIS','ILE','LEU','LYS','MET','PHE','PRO','SER','THR','TRP','TYR','VAL'
]RES_NAMES_1 = 'ARNDCQEGHILKMFPSTWYV'#to1letter = {aaa:a for a,aaa in zip(RES_NAMES_1,RES_NAMES)}
#to3letter = {a:aaa for a,aaa in zip(RES_NAMES_1,RES_NAMES)}ATOM_NAMES = [("N", "CA", "C", "O", "CB"), # ala("N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "NE", "CZ", "NH1", "NH2"), # arg("N", "CA"

http://www.mrgr.cn/news/39896.html

相关文章:

  • AWS Redshift把老用户权限赋予新用户
  • 防止错误输入!Excel单元格限制输入内容的三种有效方式
  • Arweave的出块原理
  • 高通芯片手机查看空口消息工具:QCAT
  • SpringBoot2(Spring Boot 的Web开发 springMVC 请求处理 参数绑定 常用注解 数据传递 文件上传)
  • OPenWrt编译文件解读makefile
  • spring 实用小技巧
  • 【C++】set详解
  • 【PHP陪玩系统源码】游戏陪玩系统app,陪玩小程序优势
  • uniapp学习(003-1 vue3学习 Part.1)
  • 使用RestTemplate调用EMQX API查询MQTT客户端列表信息
  • 什么是reactor以及其三种版本
  • vxe-grid给单元格加上触发事件
  • 快速幂算法
  • 【新闻转载】Storm-0501:勒索软件攻击扩展到混合云环境
  • 【Ubuntu】PlantUML工具 | 安装 | 语法 | 使用工具画序列图
  • 未来前端发展方向:深度探索与技术前瞻
  • VS2022 Git功能的使用
  • 【数据驱动预测控制2】Willems基本引理
  • Ubuntu开机进入紧急模式处理