10月下半记录

10.12

1、psiblast（blast库安装）

conda install -c bioconda blast

2、conda安装CUDA12.1.1报错

之前用的是conda install cuda-toolkit==12.1.1

之前都可以正常安装的，但是换了源之后就不行了，很奇怪

最后使用

conda install nvidia/label/cuda-12.1.1::cuda-toolkit

成功安装了。（感谢sly）

3、CSR,CSC稀疏矩阵表示方式

以CSR为例：

indices列坐标、data数值、indtpr行坐标区间，三个list保存一个矩阵的信息

indices和data的长度均为矩阵中的非零值个数，indtpr长度为矩阵行数+1且单调不降，且最后一个值等于矩阵中的非零值个数

例如一个4*5的矩阵

indices=[1,1,2,3,4,2,5,4]

data=[a,b,c,d,e,f,g,h]

indtpr=[0,1,4,8,8]

则说明data[0,1)的值a在第一行，data[1,4)的值bcd在第二行，data[4,8)的值efgh在第三行，第四行没有值

然后再通过indices来确定这些值的列坐标，例如a对应1就是在第1列，d对应3就是在第3列

CSC就是CSR把行列互换一下的表示方法。

10.13

DeepGraphGO复现

由于网上代码用的是超级老版本的torch1.6.0和dgl0.4.3，cuda10.2

导致A6000的服务器的驱动不适配，需要更新这些库的版本

发现了dgl库中的NodeFlow类在0.7.0版本之后就消失了，不知道怎么替代

NeighborSampler采样器的接口发生了变化

现在尝试替换为Dataloader和NeighborSampler，但是一直没有成功，总是出奇奇怪怪的报错

最后不了了之了。

10.14

vscode连接服务器的时候连接出现ENOPRO:no file system provider found报错

之前都可以正常连接，但是突然就不对了

删掉了用户文件夹下的.vscode-server文件夹，然后再连接服务器，就会重新下载vscode-server，等待一会就正常了。

之后又出现了这种情况，reload window的时候突然断连了，关掉terminal之后再进行reload window就又好了，很奇怪，可能是vscode选择环境和conda出现了一些冲突。