宏基因组分析软件

humann2有参物种功能定量流程

合并质控后的双端数据

conda install humman2

wd=/db/humann2

mkdir -p $wd

humann2_databases  #显示可用数据库

humann2_databases --download chocophlan full $wd   #微生物物种核心基因5.37G

humann2_databases --download uniref uniref90_diamond $wd   #功能基因diamond索引 10.3G

humann2_config --print #查看参数和数据库位置是否正确

#常用修改线程数、核酸和蛋白库位置

humann2_config --update run_modes threads 8

humann2_config --update database_folders nucleotide $wd/chocophlan

humann2_config --update database_folders protein $wd/uniref